Theo Thông tư hướng dẫn của liên Bộ Y tế và Tài chính, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh có trách nhiệm thành lập Quỹ theo quy định và phê duyệt Điều lệ hoạt động Quỹ khám, chữa bệnh cho người nghèo (sau đây viết tắt là Quỹ). Quỹ đặt tại Sở Y tế, có con dấu riêng, được mở tài khoản tiền gửi tại kho bạc nhà nước để quản lý nguồn hỗ trợ từ ngân sách nhà nước. Ban Quản lý Quỹ gồm: Lãnh đạo Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (sau đây viết tắt là Ủy ban nhân dân tỉnh) làm Trưởng ban; lãnh đạo Sở Y tế là Phó trưởng ban thường trực; lãnh đạo Sở Tài chính làm Phó trưởng ban; đại diện lãnh đạo Sở Lao động - Thương binh và Xã hội, Ban Dân tộc tỉnh và đại diện Mặt trận Tổ quốc tỉnh. Sở Y tế có trách nhiệm tổ chức, quản lý và điều hành Quỹ theo quyết định của Ủy ban nhân dân tỉnh; lập dự toán ngân sách Quỹ và kinh phí quản lý Quỹ gửi Sở Tài chính thẩm định trình Ủy ban nhân dân tỉnh xem xét, quyết định trình Hội đồng nhân dân tỉnh phê duyệt; Hằng năm, chủ trì, phối hợp với các cơ quan có liên quan tổng hợp tình hình thành lập và hoạt động của Quỹ trình Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh gửi Bộ Y tế để tổng hợp, báo cáo Thủ tướng Chính phủ.
Cũng theo Thông tư, trường hợp người bệnh tự lựa chọn cơ sở khám bệnh, chữa bệnh (trái tuyến, vượt tuyến) hoặc khám bệnh, chữa bệnh theo yêu cầu thì thực hiện việc thanh toán chi phí khám bệnh, chữa bệnh theo quy định pháp luật về bảo hiểm y tế. Quỹ không hỗ trợ chi phí khám bệnh, chữa bệnh đối với các trường hợp này./.